Jako element modernizacji 60 km torów linii kolejowej z Wrocławia do Poznania zaplanowanej przez Polskie Linie Kolejowe, przewidziana jest przebudowa torowisk i peronów na posterunku/przystanku Wrocław Mikołajów. Prace rozpoczęły się w końcu lipca 2012 r.
W pierwszym etapie przebudowany zostanie peron 2. W dniu 27.07.2012r. została zamknięta część tunelu prowadzącego na perony, między peronem 1 a wyjściem od strony ul. Bolkowskiej. Po 3 miesiącach rozpoczną się prace przy peronie 1 i tunel zostanie zamknięty całkowicie. Dojście na perony będzie możliwe tylko od ul.Legnickiej - schodami pod wiaduktem kolejowym.
W ramach modernizacji przystanku Mikołajów powstaną nowe wiaty peronowe, oświetlenie i elektroniczne wyświetlacze z informacją o kursowaniu pociągów. Zainstalowane zostaną także platformy wjazdowe na perony dla osób niepełnosprawnych.
Zakończenie prac planowane jest na czerwiec 2013 r.