Pierwszy kościół klasztorny wspominany jest już jako istniejący w 1208 r. Następnie między XIII a XIV wiekiem został on powiększony, z tego okresu pochodzi sklepienie gwiaździste w transepcie (sklepienie ramienia północnego pochodzi z XVI stulecia). Od północnego wschodu do kościoła przylega kaplica książęca wzniesiona w 1312 r. na planie krzyża greckiego, którego każde z ramion zamknięte jest poligonalnie. W jej wnętrzu znajdowała się nagrobna tumba księcia Bolesława III Legnicko-Brzeskiego zwanego rozrzutnym (Książę przedstawiony jest z modelem swojej kaplicy, którą trzyma w prawej ręce).
Wygląd obecny Bazylika uzyskała W końcu XVII wieku, kiedy to pod kierownictwem Matthiasa Steinla dokonano przebudowy kościoła w stylu barokowym. Przebudowa ta gruntownie zmieniła charakter świątyni. Nawy boczne przykryto nowymi sklepieniami krzyżowymi bez żeber. Zniszczono gotycką fasadę zachodnią, budując na jej miejscu obecną bogatą fasadę z dwiema wieżami, kryjącą przedsionek. Wówczas całość została włączona do tak zwanego masywu zachodniego, w który skład wchodzą: fasada kościoła oraz elewacje klasztoru i pałacu opata. Przy północnym ramieniu transeptu około 1700 roku wzniesiono kaplice Loretańską, używaną jako zakrystia.
W okresie II wojny światowej kościół Najświętszej Marii Panny podobnie jak cały pocysterski kompleks został całkowicie ogołocony przez Niemców. Wyposażenie wraz z wspaniałymi stallami anielskimi Matthiasa Steinla pocięto na kawałki i wywieziono do Lubomierza oraz Krzeszowa gdzie zostały ukryte, a skąd po wojnie powędrowały dalej do wielu miast w Polsce np. Stężycy oraz Siedlec. Dzieła zniszczenia ostatecznie dokonali Rosjanie, którzy splądrowali oraz rozgrabili znajdujące się pod kościołem krypty, w których do dziś dzień spoczywa 98 zmumifikowanych ciał książąt, opatów oraz zasłużonych zakonników cysterskich. Ich trumny zostały zniszczone a ciała porozrzucane, obecnie z całą pewnością udało się zidentyfikować tylko ciało Michaela Leopolda Willmanna. W przedsionku znajduje się pamiątka po Rosjanach, w postaci dwóch malunków umieszczonych w przeciwległych niszach przedstawiających popiersia Michała Kutuzowa oraz Aleksandra Suworowa. Z oryginalnego wystroju utrzymanego w stylu bujnego baroku przetrwały tylko mensy ołtarzowe oraz fragmenty rzeźb ołtarzowych. Większa cześć obrazów śląskiego Rembrandta została wywieziona do Warszawy gdzie znajdują się do dziś. W szalonych poszukiwaniach skarbów przez Rosjan, tumba w kaplicy książęcej została zniszczona przez wrzucenie do niej granatu. Ostatecznie udało się ją odrestaurować na początku lat 80., obecnie znajduje się w Muzeum Narodowym we Wrocławiu. Za Wikipedia.